いくら探してもLatexの参照が一致しなかったのですが、ようやく直りました。
備忘録として書いておきます。
◆一致しなかったとき
\begin{eqnarray}
a+b=C\nonumber\\
a+b=C\nonumber\\
\label{1-2}
a+b=C\nonumber\\\nonumber
\end{eqnarray}
◆一致したとき
\begin{eqnarray}
a+b=C\nonumber\\
a+b=C\nonumber
\label{1-2}\\
a+b=C\nonumber\\\nonumber
\end{eqnarray}